高雄市醫師公會於一九四五年十月設立，並於一九四六年三月十三日奉准成為人民團體。凡於高雄市管轄區內合法執業或領具合格證書之醫師，均得自由申請入會。首任理事長為李炳森先生。
早在日治時期，高雄已有「高雄醫師會」之組織，但由於該會係由日本人組成，排斥台灣人醫師，昭和二年十月十六日，本地台籍醫師假高雄樓，自組「高雄台灣人醫師會」分庭抗禮，此為醫師公會之前身。
當時會員計十一名：
張錫祺、張洪南、李炳森、李書、黃國財，黃瑞傳、楊金虎、葉獻猷、莊媽江、王子敬、袁愈琦。
公會成立以來，素以推動醫學發展、追求人民健康福祉為目標。不僅代表爭取醫界應有之權益、負責聯繫政府相關單位、加強會員間之交流，並協助會員解決醫療糾紛，扮演民眾與醫師之間雙向溝通、調解之角色。
而成立初年，公會均設理事長之住宅，隨各屆理事長之接替而搬遷，並無獨立的辦公處所。至一九五六年，在第九屆理事長吳基福先生的推動下，組織高雄市醫師公會會館籌建委員會，以股份方式積極進行。最後，由會員集資三百四十餘萬，購置市中一路六百多坪土地，聘請成功大學葉樹源教授設計，於一九五八年九月動工，建築三層樓會館，落成後旋即創設高雄醫藥企業股份有限公司。
當時一樓闢有禮堂，供高市各界舉辦集會演講、音樂、舞蹈、電影欣賞及展覽之用，並設置醫師俱樂部、咖啡室等康樂設備。二、三樓租借給中央大飯店，作為宿舍。另外，二、三樓之一部份，則闢作醫師公會及紅十字會高雄支會辦公室。
高市醫師公會大廈不僅為當年南部獨一無二的宏偉建築，亦為全省首創醫師會館第一家。會館的落成，提供了醫師們休閒、社交，以及發表學術演講的場所，此後醫界的各項活動均得以借該場地舉行。嗣後為使建築物更新氣象，於一九六九年三月增建四樓，將四樓全部撥借公會作為辦公室、會議室、禮堂之用。
一九七九年七月一日高雄市改制，公會奉高雄市社會局通知第十五屆改為改制後第一屆，又高雄縣小港鄉會員奉令自同日起歸併本會，並於七月二十二日召開第一屆第一次會員代表大會，由廖丙熔先生蟬聯當選理事長。
新醫師法於一九七五年九月十一日公佈施行後，凡在高雄市內領有醫師證書並執行醫療業務者，均應加入公會為會員。至一九九七年九月底止，已有會員二三八一名。一九九三年元月，「高雄醫師會誌」創刊，內容記錄公會與會員活動，提供醫界資訊與意見交流，聯絡會員間的感情，並作為會員對外發聲之管道。